生物信息上机实验报告(三):DNA序列分析

1. 实验目的

  1. 理解DNA序列分析的目的,DNA序列分析的主要类型
  2. 掌握给定DNA序列的gene, repeat, promoter, CpG island预测方法
  3. 掌握提取、分析特定DNA序列片段的方法
  4. 实例序列 K02212, chromosome 1 of saccharomyces cerevisiae (yeast)

2.教学实习内容

  1. 利用序列处理在线工具包(SMS)分析上述序列的核苷酸组成、基因编码区等进行分析;
  2. 对DNA序使用Fgenesh进行基因预测;
  3. 对DNA序列,用RepeatMasker
  4. Promoter软件对DNA序列(K02212)预测promoter的结合位点;
  5. CpGplot软件对DNA序列预测其CpG island;
  6. 用EMBOSS中的Extractseq程序提取上述DNA序列(K02212)中预测的第一个exon,用EMBOSS中的Compseq程序统计第一个exon中出现“ACC”的次数;
  7. PlantCARE,植物启动子区域顺式作用元件查找.

3.实习报告

  • 对DNA序列(K02212),用Fgenesh进行基因预测,各exon的起止区间在哪?
    Figure 1. 基因预测
  • 对DNA序列(K02212),用RepeatMasker进行重复序列预测(缺省参数,以human为物种),该序列中所含重复序列的总体情况如何?是否含有LINE2类型序列,若有,位置在哪?
    Figure 2. 重复序列预测
    repeatmasker_页面_2
  • 用Promoter软件对DNA序列(K02212)预测promoter的结合位点(Highly likely prediction)在哪?
    Figure 3. 启动子结合位点预测
  • 用CpGplot软件对DNA序列(AC234315)预测其CpG island,具体位置在哪?
    Figure 4. CpG岛预测结果

  • 用EMBOSS中的extractseq程序提取上述DNA序列(K02212)中预测的第一个exon,用EMBOSS中的compseq程序统计第一个exon中(按其原来翻译框顺序)出现“ACC”的次数。
    Figure 5. EMBOSS结果图

Author: Lu Shan & Lu Qiumei
Link: http://www.lslqm.com/2018/06/19/生物信息上机实验报告(三)-DNA序列分析/
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